No início do século XX, chegaram da França a madre Saint Maurice e as irmãs Marie Alix e Saint Jean. Auxiliadas pelas irmãs Lydia e Albina, deram início às atividades da Escola - resultado de uma crescente demanda das famílias pelotenses pelo início do trabalho da Congregação na Princesa do Sul.
Desde a chegada das Irmãs de São José, os laços entre a Congregação e as comunidades da Região Sul do Estado se fortaleceram continuamente: a confiança conquistada por elas foi refletida na escolha de inúmeras famílias que, ao longo dos anos, confiaram a educação de suas filhas ao Colégio São José - seja no internato, semi-internato ou externato.
Com dedicação silenciosa e trabalho incansável, as Irmãs fizeram o Colégio florescer, criando raízes profundas no solo fértil da região. A influência da Congregação rapidamente transcendeu os muros da escola, alcançando paróquias e comunidades carentes - suas alunas, junto às Irmãs, ampliaram essa missão, levando educação, auxílio e esperança a todos os cantos da cidade.
Ao longo do tempo, a escola evoluiu significativamente. As atividades foram ampliadas para incluir a educação de meninos, os espaços físicos foram reestruturados e inovações tecnológicas foram incorporadas aos ambientes de ensino.
Com o apoio de educadores leigos, o Colégio continuou a expandir sua missão, sempre preservando os propósitos e o carisma das Irmãs de São José que guiaram sua fundação.